清华大学交叉信息研究院以培养富有杰出理论计算机才能、优异综合素质和创新精神的精英人才为宗旨，借鉴国际先进的培养模式和方案，遵循因材施教、重点培养的原则，设置多样化培养模式和个性化培养方案，为培养优秀研究生、充分发挥学生个性、发掘学生潜能提供优越的平台。
目前，院在读研究生35人，其中博士生26人，硕士生9人；即将入学2012级博士生31人，硕士生10人。交叉信息研究院采用国际化教材，面向研究生实施个性化人才培养。姚期智教授定期与在读研究生开展面对面的学术交流，亲自指导学生的科学研究，以帮助研究生尽早向科研方向发展。研究生现已成为研究院的科研主力军。
为了落实国际化学生培养的计划，开拓学生的视野，促使他们的研究工作与国际接轨，交叉信息研究院在研究生培养工作中强化了国际交流力度。一方面，长期聘请国际知名学者和访问教授，开设组内课程和专题讲座，以让研究生开阔视野、启迪智慧、提高创新能力的目的，取得了良好的效果；另一方面，多维度资助和派遣优秀研究生前往欧、美、亚洲等国家和香港地区进行出国学习、交流和深造，为学生提供众多跨文化的交流机会和国际化的实践机会。
截至2011年7月，交叉信息研究院已经培养了17名博士毕业生，初步形成了一支遍布世界的理论计算机科学等重点科研单位的青年科研团队，在普林斯顿大学、微软亚洲研究院、百度、谷歌等研究或工作领域崭露头角。
硕士研究生：
一. 培养目标
本专业培养德、智、体全面发展的计算机科学与技术领域的专门人才。要求本专业硕士学位获得者较好地学习与掌握马列主义、毛泽东思想和邓小平理论，热爱祖国，遵纪守法，品德良好；在理论计算机科学相关学科上掌握坚实的基础理论与系统的专门知识，具有从事科学研究和独立担负专门技术工作的能力。
二. 课程学分
攻读硕士学位研究生期间，需获得学位学分不少于27，其中公共必修学分5，必修环节2，学科专业要求学分不少于20。任选课程及自学课程学分另计。
博士研究生：
一. 培养目标
本专业培养德、智、体全面发展的理论计算机科学领域的高级专门人才。要求本专业博士学位获得者较好地学习与掌握马列主义、毛泽东思想和邓小平理论，热爱祖国，遵纪守法，品德良好；在理论计算机科学相关学科上掌握坚实宽广的基础理论与系统深入的专门知识，熟练掌握1－2门外国语，具有独立从事科学研究工作的能力，在有关研究方向做出创造性的成果。成为社会主义现代化建设事业需要的高级专门人才。
二. 培养方式
1. 博士生培养实行导师负责制。必要时可由导师提名，经学位分委员会批准，聘请一名副导师。副导师必须具有正高级职称或具有博士学位的副高级职称，指导小组成员必须具有副高级以上职称或是具有博士学位的讲师。
2. 跨一级学科（或交叉领域）培养博士生时，应从相关学科中聘请副导师协助指导，并由学位分委员会审批。
3. 建立规范化的学术交流和学术报告制度，按期检查培养环节的完成情况。
4. 导师应有适于培养博士生的研究课题和充足的研究经费。导师（副导师或指导小组）应与博士生定期交流，关心博士生的思想品德、业务能力和综合素质。促进博士生德、智、体全面发展。