交叉信息院研究生奖学金旨在鼓励和提倡研究生积极进取、开拓创新，促进各类人才脱颖而出，调动广大研究生的学习和科研积极性，引导研究生在思想道德、业务学习、科研实践、动手能力等方面都得到提高和发展。交叉信息院研究生奖学金分为校设奖学金和院设奖学金：校设奖学金重点奖励激励德智体美劳全面发展的综合优秀的同学，如特等奖学金、国家奖学金、蒋南翔奖学金、波音奖学金、丰田奖学金等；院设奖学金重点奖励激励拔尖创新、前沿研究、多元发展的优秀同学，如英才奖学金、华为奖学金、九坤奖学金等。此外，推荐学生参评“微软学者”奖学金、百度奖学金等外评类奖学金。

        截至2020年底，交叉信息院研究生4人次获清华大学研究生特等奖学金、35人次获国家奖学金、7人次获“微软学者”奖学金，各类校级以上奖学金获奖逾百人次。